Durch die Fraktionsgemeinschaft mit der CDU erhielt die CSU auf Bundesebene jedoch weitgehende Einflussmöglichkeiten. So nimmt sie bis heute auf alle Regierungsbildungen grossen Einfluss, im Vergleich zur CDU war sie überproportional an den Kabinetten beteiligt. Diese Doppelrolle ist jedoch nicht frei von internen Spannungen sowie Konflikten mit der CDU.

Die Entwicklung der CSU als bayerische Landespartei war in den 1950er-Jahren zunächst von parteiinternen Kontroversen, dann einer Konzentration auf die Landespolitik und schliesslich einer Phase der Konsolidierung gekennzeichnet.

Unter dem bayerischen Ministerpräsident Hanns Seidel wurde ab 1957 ein gemässigter Weg zwischen der bayerischer Traditionalität und der Modernisierung eingeschlagen. Mit dem Ende seiner Regierungszeit hatte die CSU ihre eigentlich bis heute unangetastete landespolitische Vorherrschaft ausbauen können.

1961 wurde Franz-Josef Strauss neben seinem Bundesministerposten zum Landesvorsitzenden der CSU gewählt. Strauss avancierte wie vor ihm kein anderer zur Identifikationsfigur der Partei. Er wurde zur Schlüsselfigur einer wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Modernisierung Bayerns. Zudem betonte die Partei seitdem die gesamtdeutsche und europäische Politik und konnte jenseits von Bayern weiter an Bedeutung gewinnen.

1978 wechselte Strauss als Ministerpräsident nach München und blieb bis zu seinem plötzlichen Tod 1988 im Amt. Sein Ableben hinterliess kurzfristig ein Vakuum. Dennoch gelang es der neuen innerparteilichen Doppelspitze eine andauernde Stabilisierung zu bewirken. Max Streibl blieb bis 1993 Ministerpräsident. Er wurde von Edmund Stoiber ersetzt, der sich gegen den CSU-Landesvorsitzenden und Bundesfinanzminister Theo Waigel durchsetzte.

Der CSU gelang es auch nach der deutschen Einigung ihre bisherige Position zu erhalten. Trotz des Wechsels des Ministerpräsidenten, einzelner Affären sowie erster Wahlerfolge der Republikaner bei der Europawahl 1989 gelang es der Partei, Mitte der 1990er-Jahre ihre Lage zu stabilisieren. 1994 erzielte sie 52,8 Prozent der Stimmen bei der Landtagswahl sowie 7,3 Prozent bei der Bundestagswahl.

Trotz erster Einbussen verdeutlichte noch 2002 die Kanzlerkandidatur von Edmund Stoiber die bestehende bundespolitische Kraft der CSU sowie ihre Position im Bündnis mit der CDU. Dagegen musste die CSU bei der vorgezogenen Bundestagswahl 2005 deutliche Verluste hinnehmen. Sie verlor 9,3 Prozent und kam auf 49,3 Prozent.

Nach einem taktisch ungeschickten Hin und Her Stoibers zwischen einem Posten als Bundesminister und dem Ministerpräsidentenamt in Bayern, gab er CSU-Vorsitz und Ministerpräsidium 2007 ab. Als Ministerpräsident folgte ihm Günther Beckstein nach, den Parteivorsitz übernahm Erwin Huber.

Die historische Niederlage bei den Landtagswahlen 2008 veränderte jedoch erneut die Situation. Die CSU verlor zum ersten Mal die absolute Mehrheit. Im Oktober 2008 übernahm Horst Seehofer den Ministerpräsidentenposten und ebenfalls die Parteiführung.

Die CSU hat rund 162’00 Mitglieder. Im Kabinett von Angela Merkel (CDU) ist die CSU mit den Bundesministern Karl-Theodor Freiherr zu Guttenberg und Ilse Aigner vertreten.